El claustro principal renacentista de doble galería del siglo XVI estructura la comunicación entre las diferentes dependencias. Se compone de arcos carpaneles en la planta baja, y escarzanos en la primera, ambos sustentados por columnas toscanas de fuste recto. En este claustro se ubica la escultura de Pedro I en actitud orante, cuyo original se halla en el Museo Arqueológico Nacional.