Esta documentación procede de la aplicación de la legislación desamortizadora de finales del siglo XVIII y siglo XIX. Toda ella, una vez incautada, se depositó en los locales de la Administración de Hacienda, donde se mantuvo custodiada hasta los años 70 del siglo XX, en que se trasladó al Archivo Histórico de Cuenca.

Casi 200 fondos documentales están presentes, muy mermados en cantidad pero la documentación que ha llegado a nuestros días es muy importante y muy bien conservada. Catedral de Cuenca, Colegiata de Belmonte y el Monasterio de Monsalud son las instituciones con más documentos. Además, todas las fundaciones monásticas y conventuales que hubo en Cuenca y pueblos están representadas en estos fondos. Además, Colegios de Jesuitas, parroquias, capellanías, ermitas, Órdenes Militares o parroquias han dejado un interesante rastro documental para quienes deseen profundizar o conocer cuál fue la presencia histórica de cada una de ellas. Más de 1.000 cajas de documentos que se complementan con algunos legajos y libros que se trasladaron al Archivo Histórico Nacional (Madrid) a finales del siglo XIX y, por supuesto, con esa documentación conservada en Archivos municipales y en diversos Archivos de Cuenca capital: Archivo de la Catedral, Archivo Diocesano, Archivo de la Diputación provincial y Archivo municipal.

La documentación del Registro de la Propiedad y su antecedente, la Contaduría de Hipotecas, ofrece información muy importante para la investigación de propiedades.