La Iglesia de San Román, es la actual sede que alberga el Museo de los Concilios y la Cultura Visigoda de Toledo, museo filial del Museo de Santa Cruz de Toledo.

Documentalmente se la cita como parroquia latina por primera vez a principios del siglo XII, en 1125, aunque su fábrica corresponde a los grandes cambios y renovación de obras que realizó el arzobispo Rodrigo Jiménez de Rada (ca. 1170-1247) y al significado que alcanzó la dimensión cultural de Toledo en su proyecto. Consagrada en 1221, en este edificio se despliega todo un proyecto ideológico donde el pasado de la Hispania romana y visigoda, así como de Al-Ándalus, es reivindicado como fuente de legitimidad y de identidad.

En esta iglesia, se significa la convivencia del rito romano o francés, impuesto en el siglo XI tras la conquista de la ciudad de mano de Alfonso VI, y la del rito hispano, también conocido como toledano, de origen preislámico y por lo tanto visigodo o hispanorromano.

En sus muros se realiza un homenaje a la comunidad cristiana andalusí, los mozárabes, que mantuvieron la cultura árabe como seña de identidad. Se reutiliza material de acarreo romano y visigodo en recuerdo de una basílica tardorromana o visigoda, lejos de interpretaciones como posible mezquita, de la que, hasta el momento, no se conserva ninguna evidencia.

El inmueble presenta planta basilical con tres naves, la central más alta y ancha, separada por arcos de herradura preislámicos, de clara alusión a ese pasado tardoantiguo. Apoyan en unos pilares rectangulares en cuyos frentes se exhibe un  riquísimo material romano y visigodo. Sobre esta arcada se desarrolla una arquería alta o tribuna de vanos de medio punto. El ábside poligonal de la cabecera quedaría exento en su origen. A lo largo del siglo XIII, se añadirían la capilla de la nave de la epístola y la situada a los pies de la iglesia, que conserva un magnífico artesonado del siglo XVI. 

Pinturas murales. Sin duda uno de los elementos más destacados del edificio son las pinturas murales. Realizadas al fresco con colores planos, son fruto de la misma campaña ideológica y coetáneas a la arquitectura de la iglesia. Observamos la combinación de inscripciones en latín (que aluden especialmente al salmo 103 y a himnos a María) y árabes, con la repetición de la expresión al-yumn wa l-‘iqbãl (paz y prosperidad).  Respecto a la iconografía, hallamos combinados a los padres de la iglesia hispana (San Isidoro o San Leandro), con aquellos que se identifican con la reforma romana y sus raíces (San Ambrosio, San Benito, San Gregorio o San Bernardo), así como alusiones al Juicio Final o el Apocalipsis, discurso que sería entendido por las tres religiones. 

A partir de 1552 se efectúa la reforma realizada por Alonso de Covarrubias llevaría a cabo la reforma del altar mayor, adaptándose a la antigua cabecera ochavada. El espacio se cubre con bóveda de crucería; entre ésta y la cúpula, se alza una bóveda de cañón. Pilastras decoradas con grutescos, telamones y hermes femeninas sustentan los capiteles y sostienen los arcos torales decorados con cabezas de ángeles y florones.