Si comparamos Las Hoyas con un ecosistema actual equivalente, podemos decir que el registro fósil encontrado cuenta con la totalidad de los grandes grupos naturales existentes: Bacterias, Hongos, Algas, Plantas y Animales.

Por el momento se han encontrado 200 especies diferentes. Los animales constituyen el 77% de la diversidad total de estas especies, siendo los artrópodos el grupo más numeroso. Dentro de este grupo se han descrito Arácnidos (arañas), Diplopodos (milpiés), Crustáceos (ostrácodos, cangrejos y gambas) y Hexápodos (principalmente insectos acuáticos). Éstos últimos son los más diversos, representando un 36% del número total de especies encontradas. El siguiente grupo más numeroso serían los vertebrados (29%), siendo los peces óseos los más diversos de este grupo. Dentro de las plantas, las Embryophytas (plantas descendientes de ciertas algas verdes, que poseen adaptaciones para la vida fuera del agua, como los helechos) serían el grupo que más diverso (17% respecto al total de especies del yacimiento).
Aunque en un humedal se da un solapamiento de ambientes terrestres y acuáticos, los organismos acuáticos son los que dominan la ecología del lugar.