La interpretación del ecosistema de esta parte de la Serranía de Cuenca es la de un extenso humedal continental, subtropical y estacional de inviernos húmedos, situado sobre un sustrato kárstico. Este karst estaría formado por rocas calizas, compuestas por minerales solubles en agua. Por tanto, el agua sería un lento, pero constante, elemento transformador del paisaje. De hecho, la acción del agua nunca ha dejado de moldear el karst de la Serranía de Cuenca, desde el momento de su formación hasta la actualidad.

Cuando se analizaron las características de algunos humedales modernos tropicales se observó que Las Hoyas mostraba unos rasgos muy similares en cuanto al papel ecológico de los organismos. Las plantas acuáticas (algas carófitas y angiospermas, comúnmente conocidas como plantas con flores y semillas), los artrópodos (cangrejos, gambas y, sobre todo, insectos acuáticos) y los peces teleósteos (grupo al cual pertenecen la mayoría de los peces comunes actuales) eran los organismos más abundantes. Muchos de estos seres dependían de la cubierta vegetal de las lagunas para su desarrollo, como por ejemplo ostrácodos (crustáceo), cangrejos, insectos o pequeños alevines de peces. Entre otros vertebrados que habitaban en este ecosistema podían encontrarse anfibios, como ranas y salamandras, reptiles como cocodrilos y tortugas y una gran diversidad de aves primitivas. Los lagartos posiblemente vivirían en los montículos repletos de vegetación que emergían del agua. Los reptiles voladores pterosaurios y los dinosaurios serían visitantes ocasionales del humedal.