En las iglesias visigodas existía una segregación del espacio muy marcada. En la cabecera estaba el santuario, al que solo podía acceder el sacerdote, que oficiaba la misa de espaldas y en latín. Este espacio estaba separado del coro, donde estaban los diáconos y los presbíteros, por canceles y cortinajes. En la nave, la gente, separada por sexos.

En la iglesia de Los Hitos se ha documentado esta segregación y recuperado dos tipos de canceles altos esculpidos en mármol. No solo servían para dividir los espacios, sino como elementos iconográficos con escenas religiosas simbólicas anicónicas, es decir, no figuradas. Tenemos una decoración muy compleja de tetrapétalas con trifolias en las enjutas y círculos solares, que seguramente separaba el santuario del coro. El otro tipo, con tetrapétalas imbricadas realizado en mármol blanco y temática más sencilla, separaría el coro de la nave. In situ se han localizado las barroteras de cancel para encajar estas piezas.

La iglesia excavada en Los Hitos contaba con una decoración exterior con fajas de escultura y cruces caladas. El interior estaba totalmente marmorizado, con un suelo de losetas de mármol sobre el hormigón. Los canceles separaban los distintos espacios –santuario, coro y nave–. También había frisos de escultura en el interior, una faja a la altura de los ojos, con roleos con temas eucarísticos. Estos presentan una decoración diferente a la del palacio, más compleja y simbólica. Es muy probable que la escultura se complementase con estucos y pintura, pero desgraciadamente no se ha conservado.