La iglesia es lo más importante del Monasterio aunque nunca llegó a concluirse. Posee una planta plenamente románica, organizada en tres naves, más ancha la central, crucero poco saliente, y cabecera con tres ábsides semicirculares escalonados. Su alzado también se adapta al estilo románico con bóvedas de cañón apuntado para cubrir la nave central y el crucero, bóvedas de arista para las laterales, y de horno para los ábsides, que cargan en gruesos muros perimetrales.

En su conjunto, el interior de la iglesia responde a la estética cisterciense, dando la impresión de ser una construcción pesada, sólida y austera, ejecutada en magnifica sillería. Sus proporciones y escasa iluminación son todavía románicas, y la ausencia de decoración resulta perfectamente adecuada para la vida monástica de la Orden Cisterciense.

El exterior mantiene la solidez y sobriedad propia del románico; posee en la cabecera de la iglesia un ábside central con columnas adosadas, entre las que se abren altas ventanas con derrame exterior e interior y modillones de rollo del alero como único motivo ornamental.