En este Centro están depositados determinados Archivos municipales, previo acuerdo de los respectivos plenos municipales. Aunque la documentación municipal debe conservarse y prestar el servicio público debido en los ayuntamientos correspondientes, ante alguna situación de riesgo y de imposibilidad de atención se tomó la decisión de depositar estos fondos en el Archivo Histórico de Cuenca. El fondo municipal más abundante es el del municipio de Fuentenava de Jábaga, que consta de diversos núcleos de población, con documentación histórica de interés.