Los restos de los muros que se conocen del monasterio definen el trazado de una edificación con dos plataformas, situadas a distinta altura, en cuyo centro se encontraría la Iglesia de Sta. Mª de Melque.

El monasterio constaría de un gran número de edificaciones, de las que se conservan las que están unidas al templo.

La tipología de edificio conventual, rodeando la iglesia, que se encuentra en el centro del claustro principal, y exenta de todas las edificaciones, era desconocida hasta ahora en España, siendo Melque el único ejemplo que poseemos. Esta tipología es de procedencia Bizantina.

El monasterio se completaba con una cerca monástica que trazaba un rectángulo de unos 650 mts. por 400 mts., adaptándose al terreno. Esta cerca encerraba la residencia monástica en una de sus esquinas.