Tras su primer uso civil, parte del edificio tardorromano fue transformado durante el periodo visigodo en una iglesia de la que conocemos algunos elementos escultóricos de su decoración y la amplia necrópolis (más de un centenar de tumbas) creada a su alrededor.

El espacio que había ocupado el Edificio Palacial romano se mantuvo en uso también en época islámica, fase a la que es posible vincular decenas de silos, un pozo de agua y diversas estructuras de una edificación difíciles de definir desde el punto de vista arquitectónico y funcional.

Durante época medieval cristiana se advierte una nueva actividad constructiva sobre parte del antiguo Edificio Palacial con la instalación de la iglesia de Santa María en torno a la cual surgió una nueva Necrópolis a la que es posible vincular más de medio centenar de tumbas.

Ya en época moderna, la construcción tardorromana todavía era lo suficientemente sólida como para acoger una pequeña ermita, la de Santa María de Abajo, que se mantuvo en pie hasta inicios del siglo XX.