Alrededor del complejo, en especial en torno al ábside y en menor medida dentro de la basílica y a sus pies, han aparecido numerosas sepulturas de hombres, mujeres y niños, que se enterraron en el interior de fosas excavadas en la tierra o en la roca y cubiertas por losas de piedra. Se trata de cementerios ad sanctos, es decir cerca de las santas reliquias que guardaba la iglesia en su altar, que proliferaron al amparo de la creencia de que la proximidad transmitía parte de ese estado de santidad.

Estos lugares de enterramiento eran privilegiados por definición y estaban reservados a las elites laicas y religiosas, frente a los cementerios comunes distribuidos en el entorno del cerro.