El museo recupera un espacio para disfrute del público visitante.

Los museos no suelen mostrar todos sus fondos al público. Necesidades de conservación y de investigación a menudo recomiendan que una buena parte de sus colecciones queden almacenadas en áreas habilitadas para ello. Algunas de estas estancias permiten, en determinadas circunstancias, su visita. Este es el caso del "Espacio Mudéjar", almacén visitable del Museo de Santa Cruz, en el que se custodian, de forma ordenada, los bienes más significativos del denominado arte mudéjar procedente de la ciudad de Toledo, datados entre los siglos XIII y XVI.

Se trata de una de las colecciones más importantes de esta época, con espectaculares ejemplos de talla en madera. En ella se pueden contemplar vigas, tablas, canes o tabicas; paneles de azulejería realizados con las técnicas de cuerda seca y arista, de los siglos XIV, XV y XVI, y tinajería que va desde el siglo XIII al XVI, con ejemplares únicos en el mundo.

Destacan, por encima de todo, los impresionantes brocales de pozo mudéjares de época bajomedieval, con sus característicos vidriados verdes, como el que fascinó al pintor John Singer Sargent en su viaje a Toledo en 1879 y que plasmó en una acuarela, y una pila bautismal del siglo XV procedente de la parroquia de El Salvador, pieza única en la que, según la tradición, fue bautizada Juana de Castilla, hija de los Reyes Católicos.